Pada tahun 1850-an, penjelajah Yahudi Jacob Saphir merupakan orang pertama menulis tentang Komuniti Yahudi di Hindia Timur Belanda selepas melawat Betawi. Di Betawi, beliau bercakap dengan seorang Yahudi tempatan, yang memberitahunya bahawa terdapat kira-kira 20 buah keluarga Yahudi di kota itu; dan juga di Surabaya dan Semarang. Kebanyakan Yahudi yang tinggal di Hindia Timur Belanda pada abad ke-19 merupakan Yahudi Belanda, yang bekerja sebagai peniaga atau bekerja dengan kerajaan penjajah ketika itu. Namun, sesetengah Yahudi adalah berasal dari Iraq atau Aden.

Semasa Perang Dunia Pertama dan Kedua, bilangan Yahudi di Hindia Timur Belanda dianggarkan terdapat 2,000 orang oleh wakil Zionis ketika itu bernama Israel Cohen. Yahudi Indonesia menderita di bawah pendudukan Jepun di Indonesia, mereka dikurung dan dipaksa bekerja di khemah-khemah. Selepas perang, kebanyakan Yahudi yang dibebaskan mendapati mereka tidak lagi mempunyai harta benda, dan ramai daripada mereka berhijrah ke Amerika Syarikat, Australia, atau Israel.

Pada akhir tahun 1960-an, dianggarkan bahawa terdapat 20 orang Yahudi tinggal di Jakarta dan 25 orang lagi tinggal di Surabaya.

Berdasarkan data real on field terdapat lebih banyak aktivis yahudi dan keturunan Yahudi yang mengajarkan agama yahudi dibeberapa wilayah di Indonesia secar terang-terangan dan memiliki banyak pengikut dikota-kota tertentu diwilayah Indonesia.

Kehadiran orang Yahudi pertama kali di kepulauan Indonesia telah dikonfirmasi dalam sebuah teks tertulis yang berasal dari akhir Abad Pertengahan. Orang ini adalah seorang pedagang dari Fustat di Mesir, yang meninggal di pelabuhan Barus, Sumatera Barat tahun 1290. Pada tahun 1859, pengelana Yahudi, Jacob Saphir, adalah orang pertama yang menulis mengenai komunitas Yahudi di Hindia Belanda, setelah mengunjungi Batavia. Di Batavia, ia telah banyak berbicara dengan seorang Yahudi lokal, yang telah memberitahunya bahwa ada sekitar 20 keluarga Yahudi di kota itu dan beberapa di Semarang. Kebanyakan Yahudi yang hidup di Hindia Belanda pada abad ke-19 adalah Yahudi Belanda yang bekerja sebagai pedagang atau hal-hal yang berhubungan dengan Rezim Kolonial Belanda. Namun, beberapa anggota komunitas juga merupakan imigran Yahudi dari Irak atau Yaman. Pada masa Pemerintahan Belanda di Indonesia, Agama Yahudi diakui sebagai salah satu agama resmi.

Pada saat Perang Dunia, jumlah Yahudi di Hindia Belanda diperkirakan sekitar 2.000 jiwa. Yahudi Indonesia diasingkan ketika Pendudukan Jepang di Indonesia dan mereka dipaksa untuk bekerja di kamp penampungan. Setelah perang, Yahudi yang dilepas banyak menemui berbagai masalah, dan banyak yang berimigrasi ke Amerika Serikat, Australia atau Israel.

Setelah Indonesia memperoleh kemerdekaannya, pada masa Pemerintahan Presiden Indonesia yang pertama Soekarno, hak penganut Yahudi sempat disamakan dengan agama lainnya seperti Islam, Kristen Protestan, dan Kristen Katolik. Bahkan melalui surat keputusan Menteri Agraria yang dirilis pada tahun 1961 menyatakan bahwa dia mengakui kaum "Agama Israelit" (sebutan kaum Agama Yahudi pada masa itu) diakui sebagai agama resmi di Indonesia. Tidak banyak yang mengetahui pula, bahwa peristiwa 10 November 1945 juga melahirkan seorang pejuang yang berasal dari kaum Yahudi Surabaya, yaitu Charles Mussry.

Kilas balik fakta pada saat menjadi bagian dari Kekaisaran Romawi inilah para pedagang bangsa Ibrani tiba di Maluku bersama mitra dagang kerajaan Roma yaitu para pedagang bangsa China. Salah satu bukti kuat cerita sejarah ini bahwa pada abad ke-1M, rempah-rempah dari Maluku pernah dijual di Yerusalem, adalah karena pada tahun 33 M, beberapa orang wanita Yahudi yaitu: Maria Magdalena dan teman-temannya membeli rempah-rempah di pasar Yerusalem untuk mengawetkan jenazah Yesus (Markus 16:1). Orang-orang Israel tiba di Maluku adalah pedagang-pedagang yang datang sendiri ke Maluku setelah mengetahui jalan ke Maluku dari para pedagang bangsa China.

Dalam buku Sejarah Maluku hal. 19 dikatakan bahwa kata Maluku berasal dari kata “Maloko” yang merupakan sebutan gelar bagi Kalano (kepala daerah) . Kata “Maloko” ini menurut marga Resley berasal dari bahasa Ibrani. Sebutan bagi raja dalam bahasa Ibrani adalah “Melek” atau “Melekh”. Bentuk yang lebih kuno adalah “Maliki” (EKAMK II hal. 292), sehingga dalam Tambo Dinasti Tang di China (618-906) “Maluku” tercatat sebagai “Ming liku”, yaitu suatu daerah yang dipakai sebagai patokan penentuan arah ke kerajaan “Holing” (Kalingga) yang ada di sebelah Barat.

Pada waktu Portugis datang ke Maluku, orang-orang Yahudi turut serta mengikuti armada Portugis dan ketika mereka sampai di Maluku maka orang-orang Yahudi ini tinggal dan menetap hingga beranak cucu di tempat-tempat yang mereka datangi di daerah Maluku. Contohnya daerah-daerah penghasil cengkeh seperti Banda dan Ambon, kususnya daerah Banda dan sekitarnya kini disebut Maluku Barat Daya (MBD) yang berdekatan dengan Banda disinilah anak cucunya tersebar di sekitar daerah tersebut.

Pada waktu bagian dari armada Antonio de Abreu datang ke Maluku, mereka menyinggahi Pulau Teon Nila S’rua (TNS) khususnya S’rua, dan turunlah beberapa orang keturunan Yahudi yaitu dari marga/clan Resley dan Koenoe dan beberapa marga lainnya untuk menetap disitu sebagai bagian dari kebijakan/politik Portugis kala itu. Saat Pulau TNS itu ada dalam kekuasaan mereka, mereka membangun perkampungan dimana perkampungan itu sedikit berbeda bentuknya dari perkampungan pribumi di Maluku pada umumnya. Jika Perkampungan/Negeri di Maluku Tengah pribumi bentuknya memanjang seperti dari hulu ke hilir/atas ke bawah di mana Raja menempati bagian atas kemudian diikuti oleh Kapitan dan seterusnya.

Tetapi Perkampungan yang dibentuk oleh Pemukim Yahudi ini (merupakan bagian dari Kontingen/Koloni dari Bangsa Portugis di Pulau S’rua Negeri Waru agak berbeda dimana bentuk Perkampungan Yahudi dibuat melingkar berbentuk Tabernakel (Kemah Suci) dimana di tengah-tengahnya terdapat Natra/tempat suci lalu Raja dalam marga/clan/perkampungan ini RESLEY sedangkan marga KOENOE sebagai Kapitan dan beberapa marga lainnya sebagai staf Raja dibuat pemukiman melingkar mengelilingi rumah Raja dan Tempat Raja maupun Natra tidak berada di bagian tengah dan tidak bisa di masuki oleh orang lain selain oleh Marga Resley.